По умолчанию официальный установщик не предлагает опций для настройки переменных окружения fish shell, поэтому ниже будет описан дополнительный шаг в этом направлении.

Официальный установщик - скрипт rustup.sh который предлагается запустить при помощи curl:

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

Который в свою очередь предлагает обновить:

/Users/User/.profile
/Users/User/.bash_profile
/Users/User/.bashrc
/Users/User/.zshenv

Добавляя по сути строки:

source "$HOME/.cargo/env"
. "$HOME/.cargo/env"

Поэтому после установки нам достаточно выполнить в fish shell команду:

set -Ua fish_user_paths $HOME/.cargo/bin

Теперь можно спокойно использовать rustup. Done.